A lo largo de varios años se ha desarrollado una asociación clave entre la Oficina del Representante Especial y el Departamento de Operaciones de Mantenimiento de la Paz. Este Departamento ha reforzado significativamente las medidas encaminadas a incorporar las cuestiones relativas a los niños a las operaciones de mantenimiento de la paz, como la protección y los derechos de los niños en la capacitación del personal de mantenimiento de la paz y el despliegue de personal especializado en la protección de menores en las misiones de mantenimiento de la paz. Actualmente, el Departamento de Operaciones de Mantenimiento de la Paz cuenta con más de 60 funcionarios que se ocupan de tareas de protección de los niños en nueve misiones de mantenimiento de la paz, cuatro misiones políticas y dos misiones de consolidación de la paz. Estos asesores aseguran una capacitación sistemática del personal de mantenimiento de la paz y en muchos lugares han desempeñado un papel importante en la aplicación de los mecanismos de supervisión y presentación de informes y la documentación de las violaciones de los derechos de los niños, mediante el diálogo con las partes en conflicto y la realización de actividades de promoción sobre cuestiones políticamente delicadas, apoyando de esta manera a los asociados operacionales que quizás no puedan hacerlo para no poner en peligro sus programas sobre el terreno.
Es fundamental seguir incluyendo asesores de protección de menores en el mandato de todas las misiones de mantenimiento de la paz y las misiones políticas importantes de las Naciones Unidas y ampliar su presencia en ellas. En la evaluación del Departamento de Operaciones de Mantenimiento de la Paz sobre los resultados de la presencia de los asesores de protección de menores, que se incluyó en el informe de la Representante Especial a la Asamblea General en 2007 (A/62/228), se destacaron algunas de las principales experiencias adquiridas. Como seguimiento de ese estudio, el Departamento de Operaciones de Mantenimiento de la Paz ha contratado un punto focal de protección de menores en la sede con objeto de desarrollar su política de protección de menores e interactuar con los asesores de protección de menores sobre el terreno y con los aliados más importantes, como la Oficina del Representante Especial, el Departamento de Asuntos Políticos y el Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia (UNICEF).
En junio de 2009, el Departamento de Operaciones de Mantenimiento de la Paz y el Departamento de Apoyo a las Actividades sobre el Terreno aprobaron una directriz sobre la incorporación en las actividades de la protección, los derechos y el bienestar de los niños afectados por los conflictos armados. Esta norma innovadora refuerza la función crucial que desempeñan las misiones de mantenimiento de la paz en la protección de la infancia.