С 1998 по 2005 годы г-н Отунну являлся заместителем Генерального секретаря и Специальным представителем по вопросу о детях и вооруженных конфликтах. В этом качестве он возглавил международную кампанию в целях подготовки и организации деятельности международного сообщества по защите детей, живущих в условиях войны, выступая в качестве защитника и представителя их интересов, добиваясь осуществления мер в области их защиты в период войны, а также их возвращения к нормальной жизни и социальной реинтеграции по окончании конфликта. Он явился автором ряда крупных инноваций, в том числе способствовал включению вопросов защиты детей в повестку дня Совета Безопасности ООН, разработке комплекса норм и стандартов в области защиты, включению военных преступлений в отношении детей в Римский статут, учреждению советников по вопросам защиты детей, разработке перечня «Назвать и заклеймить позором», созданию международного механизма мониторинга и отчетности, а также проведению кампании «Этап практических мер». Он явился разработчиком не имеющего аналогов режима обеспечения соблюдения требований по защите детей, принятого резолюцией 1612 (2005) Совета Безопасности ООН. В рамках этого режима была официально создана комплексная международная система мониторинга и отчетности в целях документирования случаев серьезных нарушений в отношении детей, а также выявления сторон-нарушителей и публикации их перечня, чтобы привлечь их к ответу, и, кроме того, для обеспечения соблюдения норм международного права на местах. В рамках своей информационно-пропагандистской деятельности г-н Отунну посетил ряд стран, в которых еще продолжались конфликты или уже начался процесс восстановления.

Осенью 2005 года временным Специальным представителем Генерального секретаря по вопросу о детях и вооруженных конфликтах стала г-жа Карин Шам Пу, подготовившая и представившая Генеральной Ассамблее доклад Канцелярии Специального представителя Генерального секретаря по вопросу о детях и вооруженных конфликтах.