同联合国六十多年的历史相比，不断演变的儿童保护观念和定义还比较新。与所有固有机构采用新概念的过程一样，儿童保护需要彻底纳入联合国方案和工作的相关方面。联合国大会和安全理事会通过多项决议赋予了秘书长特别代表一项责任，即将儿童保护纳入联合国所有工作领域的主流。
纳入维持和平和政治事务主流
那些在外地、冲突和冲突后地区工作的工作人员是保护弱势群体的最佳人选。对于那些生活中充斥着暴力的儿童，维和人员的保护可打破暴力循环并为持久和平奠定基础。
安全理事会自1999年起开始应对该问题，自2001年以来，保护冲突中的儿童已被纳入维持和平行动的任务内容。过去十年中，维持和平行动帮助释放了数千名儿童兵并协助倡导立法改革。
维和人员、文职工作人员和士兵都可以发挥重要的特殊作用。儿童保护顾问负责就严重侵犯儿童权利的行为提请特别代表注意。他们为秘书长关于儿童与武装冲突的年度报告收集信息、核实数据，同时也为释放儿童与武装团体和武装部队拟定行动计划。此外，司法事务干事也与当地居民合作，以确保将保护儿童纳入国家立法。
纳入联合国系统的主流
许多机构、基金和方案，如儿基会、人权高专办、难民署、劳工组织、妇女署、开发署、教科文组织和人口基金等，也有能力促进对儿童的保护工作。这些工作包括监测和报告暴力侵害儿童行为以及前儿童兵重返社会和复原等。